En Vandread, los hombres son de Marte y las mujeres son de Venus. Bueno, no del todo. La tecnología ha permitido a la humanidad colonizar toda la galaxia de la Vía Láctea, y en un sistema estelar, los hombres y las mujeres viven en dos planetas diferentes, Taraak y Mejere. Se desata una guerra de género amarga y muy literal, hasta el punto de que ya ni siquiera se ven como la misma especie.
Hibiki Tokai, un trabajador masculino de tercera clase de Taraak, termina atrapado en un barco de guerra después de un intento fallido de robar un robot. Cuando las piratas capturan la Vanguardia Taraakiana, las cosas no parecen empeorar para Hibiki.
Desafortunadamente, lo hacen; cuando la tripulación masculina de la Vanguardia disparó contra su nave capturada por desesperación, crearon un agujero de gusano gigante, que chupa las naves de la Vanguardia y el pirata Mejeran en sí mismo. Ahora, atrapados lejos de los planetas de sus hogares, estos hombres y mujeres deben aprender a trabajar juntos si desean volver a casa.